Au cours des années 1950, la RFA et la RDA se sont disputées le nom de la compagnie pour l'intégrer à la leur. L'Allemagne de l'Ouest la rétablira finalement, et la RDA appella sa principale compagnie Interflug. Lufthansa a aussi été une pionnière pour l'essai de nouveaux Boeing, et dispose généralement d'une flotte aérienne de bonne qualité.
Ses aéroports principaux sont celui de Francfort, et l'aéroport International de Munich Franz Josef Strauss. Récemment, suite à l'aquisition de Swiss international airlines, la Lufthansa utilise l'aéroport de Zurich pour diriger ses opérations depuis l'étranger. En Allemagne, les aéroports de Hambourg et Dusseldorf sont aussi des points stratégiques pour cette compagnie. Le siège social est désormais basé à Cologne, et non plus à Berlin comme c'était pour tant le cas au départ.